Il direttore scientifico dell'Istituto Clinico Humanitas è il prof. Alberto Mantovani.	La sovraintendenza scientifica è affidata al prof. Nicola Dioguardi.

Humanitas è un Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS) nell'ambito gastroenterologico, riconosciuto dal Ministero della Salute e dalla Regione Lombardia tra i centri che si distinguono per la qualità delle cure e la capacità di trasferire i risultati della ricerca e dell'innovazione nell'attività clinica quotidiana.
La ricerca è il motore della dinamica scientifica ed è indispensabile per approfondire ed ampliare la conoscenza: in Humanitas è stata pianificata come elemento della formazione dei medici, considerata la sua naturale interazione con le competenze cliniche.

I progetti in corso nell'ambito della ricerca di base e clinica sono tesi a verificare l' efficacia di nuovi farmaci, individuare in laboratorio caratteristiche genetiche per la diagnosi e cura delle malattie oncologiche, definire metodi diagnostici innovativi e mettere a punto tecniche operatorie sempre più all'avanguardia grazie al supporto delle nuove tecnologie.

Per quanto riguarda la ricerca di base, di particolare rilievo è l'attività svolta nei laboratori di immunologia, focalizzata sui meccanismi infiammatori alla base della formazione e dello sviluppo di patologie diverse che vanno dai tumori alle malattie infiammatorie del tratto gastro-intestinale a quelle cardiovascolari, oltre agli studi di biologia molecolare applicata soprattutto alla gastroenterologia e all'oncologia. I progetti si caratterizzano per l'applicazione del modello cosiddetto “traslazionale”, che presuppone una stretta integrazione, con uno scambio continuo di informazioni, fra laboratorio ed attività clinica, fondamentale per poter trasferire in tempi brevi al letto del paziente i risultati della ricerca stessa.